El tablero de juego está formado por diez sectores, permitiendo una disposición aleatoria que garantiza una gran rejugabilidad, mejorando en esto a su predecesor Terra Mystica. Para dos jugadores, el tablero se forma con siete sectores en lugar de diez.

Todas las facciones pueden mejorar sus habilidades en seis áreas de desarrollo diferentes (Terraformación, Navegación, Inteligencia artificial, Proyecto Gaia, Economía y Ciencia), obteniendo beneficios especiales y avances en la tecnología. Cada grupo tiene habilidades y destrezas específicas que les ayudarán a lo largo de la partida.

Facciones asimétricas con habilidades únicas, condiciones variables, un tablero modular y un sinfín de combinaciones hacen de Gaia Project un juego emocionante con rejugabilidad y diversión casi infinitas.